A l’époque moderne, les règnes de Louis XIII et de Louis XIV sont une période faste pour les arts. Comme auparavant, Notre-Dame participe à cet élan créatif, illustré par le Vœu de Louis XIII et de nombreuses œuvres musicales. La cathédrale offre aux musiciens un espace d’écoute ouvert à tous, à une période où les salles publiques n’existent pas.
Les maitres de musique
A partir de 1625, le chapitre recrute des maîtres de musique sur concours. Chaque candidat présente ses qualités de compositeurs et la droiture de ses mœurs. Jean Veillot, Pierre Robert, André Campra, Jean-François Lalouette ou Jean-François Lesueur, engagés ainsi, mènent une carrière parallèle à la Chapelle royale ou à l’Académie royale de musique.
La réforme de la liturgie
L’orgue acquiert son prestige à l’époque moderne. Charles Racquet, premier titulaire, fait réaliser plusieurs restaurations de l’orgue. Le rapport de force se rééquilibre entre les organistes et les maîtres de musique. En 1662 sous l’impulsion de l’archevêché de Paris, une réforme de la liturgie s’applique à tout le diocèse. Il aboutit au début du XVIIIe siècle à un nouveau cérémonial des offices et messes. L’organiste doit doréavant suivre certaines sections du Gloria et du Sanctus, l’Agnus et le Domine salvum, les mélodies de plain-chant. Pour le reste de l’office ordinaire, il peut improviser dans de brefs récits, duos, trios et autres morceaux adaptés. Plus tard, Jean Racquet puis Médéric Corneille et surtout Guillaume-Antoine Calvière usent volontiers de ces libertés.
Le libre jeu des organistes
A l’orgue et dans le chœur, des éléments de musique profane s’intercalent souvent avec la musique sacrée. Les facteurs d’orgues François Thierry (1733) et François-Henri Clicquot (1783) apportent d’importantes modifications à l’orgue. Les organistes disposent alors d’un instrument d’exception, propre à magnifier toutes leurs extravagances. Aussi, ils n’hésitent pas à s’y adonner avec une libre virtuosité délaissant la solennité de la musique d’église pour adapter des phrasés issus de l’opéra ou de la danse.
L’engouement pour les concerts d’orgue
Louis-Claude Daquin, Claude-Bénigne Balbastre et Jean-Jacques Beauvarlet-Charpentier jouent leurs propres concertos au Concert Spirituel, institution créée en 1725 qui propose des concerts aux Palais des Tuileries. Leurs concertos repris à Notre-Dame suscitent de tels engouements que l’archevêché doit, à plusieurs reprises, les interdire car ils finissent par troubler l’ordre public.
En 1787, Jean François Lesueur, premier maître de musique à ne pas être prêtre, est accusé par les chanoines d’attirer en la cathédrale un public mondain qui n’a rien à y faire. Licencié dans la foulée pour abandon de poste, il s’ensuit une crise musicale dont la Révolution porte le coup de grâce.
La Révolution transforme la cathédrale en Temple de la Raison. La dispersion du chapitre en 1790 entraîne celle de la maîtrise et ses douze élèves. Les quatre organistes titulaires, Balbastre, Beauvarlet-Charpentier, Nicolas Séjan et Claude-Etienne Luce, sont renvoyés en 1793, année de la fondation du Conservatoire de Paris. Toutefois, Balbastre adapte son répertoire au goût du jour et protège l’orgue du vandalisme révolutionnaire.